飲食料品1％課税は、農林漁業者、食品事業者、外食事業者にとって大きな負担を伴い、租税の3原則（公平・中立・簡素）の立場から見ても問題があります。
負担１．資金繰りの圧迫
飲食料品の課税売上げの税率を1％に引き下げても設備や資材の購入、配送等、課税仕入れの税率は10％のままであり、消費税10％の支払が1％の入金より先行して事業者の資金繰りを圧迫します。消費税の差額が還付されるまで資金負担は継続します。
負担２．益税の消滅
免税事業者は消費税の納税義務がなく、全額、益税となり、簡易課税事業者は、みなし仕入率による仕入税額と実際の仕入税額との差額が益税となりますが、売上げの消費税1％より仕入れの消費税10％が大きくなるので益税は生じなくなり、事業者の収益を圧迫します。
負担３．事務負担の増加
事業者は仕入税額の還付を受けるために本則課税を選択することとなります。販売先が仕入税額控除できるよう自身も適格請求書発行事業者として登録し、区分経理による帳簿記帳、適格請求書の保存義務が課されるので事務負担が大幅に増加します。
租税の３原則は公平・中立・簡素
公平の原則は、経済力が同等の人に等しい負担を求める「水平的公平」と経済力のある人により大きな負担を求める「垂直的公平」があります。所得や資産の大きな人ほど消費の規模も大きくなって応分の消費税を負担するのですが、税率1％では「垂直的公平」は失われてしまいます。
中立の原則は、税制が個人や企業の経済活動における選択を歪めないようにするものです。外食の10％課税とテイクアウトやコンビニ等で購入する食品の1％との差は、消費行動の選択に税制が意図せず介入してしまいます。
簡素の原則は、税制の仕組みをできるだけ簡素にし、理解しやすいものにするものです。税額の還付を受けるため、免税や簡易課税から煩雑な本則課税への移行、仕入税額の還付、2年後に元に戻る手続は、負担軽減策としての資金繰り支援や一定額の給付を受ける救済措置を設けるにしても、1％課税がなければ必要なかった手続であり、簡素な税制に逆行します。
また、仕入税額の前段階控除方式は、売上税額が仕入税額を上回ることを前提としていますが、これにも則しません。