損益通算とは、各所得金額の計算上生じた損失のうち、一定のものについてのみ、一定の順序で総所得、退職所得または山林所得の金額から控除を行うことを言います。
サラリーマンの方が「投資用マンションの不動産所得がマイナスなので確定申告で還付金があった」ということがあるのは、この損益通算制度のおかげです。
まず、「同じ所得の中で通算をする」というのが大前提です。例えば雑所得同士であれば、公的年金等のプラスと、業務に係る雑所得のマイナスが通算できます。
所得がマイナスとなった場合、他の所得と損益通算ができるのは不動産・事業・山林・譲渡（分離は特定の居住用財産のみ）の4つです。損益通算ができる所得であっても、所得の性質の似ている種類の所得グループにおいてまず損益通算を行い、まだマイナスがある場合はその他の所得に損益通算をしていくルールが存在します。
例えば不動産所得がマイナスの場合、総合課税の事業・給与・雑・利子・配当の各所得の損益通算を行い、それでもまだマイナスが残っている場合は総合譲渡所得や一時所得の損益通算を行い、それでもまだマイナスが残っていれば、山林・退職所得の損益通算を行います。なお、申告分離課税の株式等や先物取引等や不動産等の譲渡に関しては総合課税の所得との損益通算はできません。
損益通算の計算には、さらに細かい規定があります。生活用動産の譲渡には基本的には課税されないのですが、価額が30万円を超える貴金属等の場合は、総合課税の譲渡所得として申告しなければなりません。そしてこの場合は、損益通算ができません。他にもゴルフ会員権や競走馬等の生活に直接必要でないとされる資産については、損益通算ができません。総合課税の譲渡所得には例外規定が多いので注意が必要です。
不動産所得についても、土地を取得するために要した負債の利子に相当する部分は損益通算ができない等、例外規定は複数あります。
