個人の青色申告は、所得税を正しく納税するために行う制度で、複式簿記の帳簿やそれに伴う書類を保存する必要がありますが、一定の水準を満たす場合は、最大65万円の所得控除を受けることができ、専従者給与や損失の繰越控除、減価償却の特例や貸倒引当金の計上が可能となります。
たびたび見かける誤認は「2事業年度連続で期限内（2月16日～3月15日）に申告しないと、青色申告の承認を取り消される」というものです。
2事業年度連続で期限後申告となった場合、青色申告の承認を取り消されるのは法人の場合のみで、個人についてはこの条件で取り消されることはありません。
税務署の対応について確認を行っている「事務運営指針」を確認しても、法人の青色申告の承認の取消しについては「無申告又は期限後申告の場合における青色申告の承認の取消し」という項目が確認できますが、個人の青色申告の承認の取消しについての事務運営指針には、その項目がありません。
個人の青色申告の承認が取り消されるのは、「帳簿書類を調査等で提示しない場合」「帳簿書類の備え付け等の税務署の指示に従わない場合」「仮装・隠ぺい等を行った場合」などです。
税務調査等で青色申告の承認の取消しが行われた場合、その原因となった年分のうち、最も古い年分以後については、承認が取り消されたものとして扱われます。また、青色申告の承認の取消しを受けた場合、通知後1年間再申請はできません。
個人の所得税の確定申告を、期限後に申告した場合は、青色申告特別控除の65万円（電子申告等の要件を満たさない場合は55万円控除）が受けられなくなります。これは65万円控除の要件に「期限内に申告する事」が入っているためです。なお、10万円控除の要件には期限内申告は含まれていませんので、期限後申告の場合でも10万円の青色申告特別控除は受けられます。
青色取消しにはなりませんが、無申告加算税や延滞税に加え、65万円控除不適用というペナルティーも課されてしまいますから、やはり期限内に申告するに越したことはありませんね。
