NPO法人（特定非営利活動法人）は、医療、福祉、環境、教育、まちづくりなどの分野で社会貢献を行う存在として大きな役割を担っており、全国で約5万社（令和７年６月末現在）が活動しています。
法人税は収益事業にのみ課税される
NPO法人にも法人税の納税義務があります。NPO法では、NPO法人の法人税等の取扱いについては公益法人等とみなすとされており、法人税法別表第二に記載される公益法人等と同様に、収益事業のみ法人税が課税されます。NPO法人の事業が収益事業に該当するか否かの判断は、法人税法が定める34業種のいずれかの事業に該当し、その事業を継続的、かつ事業場を設けて行っている場合に、収益事業とされます。
このことはNPO法人が定款に定める特定非営利活動を行っている場合においても、それが収益事業に該当する限り、法人税が課税されることを意味します。
34の収益事業は法令で規定されている
法人税の課税対象となる収益事業の34業種は、物品販売業から労働者派遣業までの事業が限定列挙されています。NPO法人の行う事業がこれらに該当するかは、通達等を参照して個別に判断することになります。
課税される根拠は、同種の事業を営む営利法人との競合性から課税の公平をはかるためとされています。新たに収益事業を開始する場合は、収益事業開始届出書を税務署に提出し、青色申告を行います。赤字の事業年度がある場合は欠損金の繰越控除の適用を受けることもできます。
継続性と事業場の要件（規模要件）
法人税の収益事業に該当するかを判断するためのもう一つの要件は、その事業の継続性と事業場を設けていることです。NPO法人の目的とする事業であれば該当する場合が多いものと思われます。
会費、寄附金、補助金、助成金の扱いは
NPO法人に対する支援者からの会費や寄附金、助成金等は、対価性や反対給付があるものを除き、課税の対象になりません。しかし、国や地方公共団体から交付を受ける補助金、助成金等で収益事業の収入や経費を補てんするものは、益金に算入されて課税対象となります。ただし、固定資産の取得や改良に充てるために交付される補助金、助成金等は、その固定資産が収益事業に係る収入や経費であっても、益金不算入となり、収益事業の課税対象となりません。